Estrutura Curricular

É o conjunto de componentes curriculares que estruturam um percurso formativo. Ela pauta-se pelo princípio da flexibilização. O principal objetivo desta estrutura é estimular a autonomia, bem como tornar o currículo mais facilmente mutável para atender as necessidades da sociedade contemporânea.

Créditos

Para obtenção do título de Mestre, o estudante deverá integralizar, no mínimo, 50 (cinquenta) créditos, num total de 750 (setecentos e cinquenta horas).

Prazo

O mestrado terá a duração minima de 12 (doze) meses e máxima de 24 (vinte e quatro) meses.

Horário das Atividades

As atividades do PPGMSB podem ocorrem de segunda-feira a sexta-feira (matutino e vespertino) e aos sábados (matutino), conforme calendário acadêmico, ou de acordo com combinação prévia entre professores e alunos.

Disciplinas

O PPGMSB exige o cumprimento de carga mínima de 24 (vinte e quatro) créditos distribuídos em disciplinas, sendo 16 (dezeseis) créditos em disciplinas obrigatórias, e os demais em eletivas.

PILARES DA ESTRUTURA

O PPGMSB está vinculado à área de concentração Modelagem Aplicada a Biossistemas e possui duas linhas de pesquisa nossas linhas de pesquisa: Modelagem e Otimização de Biossistemas e Análise de Biossistemas. A estrutura curricular do programa está baseada em três pilares:

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Disciplinas Obrigatórias

São consideradas indispensáveis na formação do aluno na área de concentração em que o projeto se insere.

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Componentes Eletivos

Atendem às necessidades específicas dos projetos desenvolvidos pelos estudantes nas linhas de pesquisa. É composta por duas disciplinas Obrigatórias por linha e optativa.

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Atividades Obrigatórias

São atividades essenciais da estrutura curricular que enriquecem o perfil acadêmico, estimulam o desenvolvimento do conhecimento intelectual e intensificam as relações do aluno com a pesquisa.

Disciplinas Obrigatórias

Modelagem Aplicada a Biossistemas

Creditos - 4

Princípios da modelagem matemática aplicada a processos que enfatizem os biossistemas. Desenvolvimento de modelos baseados nos princípios fundamentais da física, química e matemática. Modelos determinísticos e modelos estocásticos. Modelos estáticos e modelos dinâmicos. Modelos discretos e contínuos. Modelos lineares e não lineares. Modelos de regressão e ajuste de curvas. Teoria dos erros. Solução numérica de problemas descritos por equações diferenciais ordinárias e parciais de primeira ordem, de ordem superior e sistemas de equações diferenciais ordinárias e parciais. Exemplos aplicados a Biossistemas.

Métodos Computacionais Aplicados

Creditos - 4

Linguagens e ambientes computacionais para uso científico, com aplicações em biossistemas. Compreensão teórica e prática aprofundada das tecnologias de simulação em tempo real. Técnicas de simulação em tempo real para o design de sistemas e ferramentas de simulação científica, acadêmicas e industriais de ponta. Métodos de simulação em tempo real distribuídos e iterativos.

Introdução a Biossistemas

Creditos - 4

Fundamentos de biossistemas. Fundamentos da modelagem de biossistemas. Otimização e Análise de Biossistemas. Princípios da análise e conservação de recursos hídricos e solo. Modelos de transferência de calor e substratos. Introdução a informações geográficas e geolocalização. Biomassa e suas Aplicações. Gerenciamento Agrícola.

Metodologia e Expressão Científica

Creditos - 4

Visão geral dos princípios filosóficos e epistemológicos das ciências. O processo da pesquisa (formulação do problema da pesquisa; processo de observação; ordenação dos dados). Planejamento da pesquisa. Os meios e técnicas de comunicação dos resultados da pesquisa (relatório; estudos monográficos; artigos técnicos; estudos explicativos; técnicas de preparação do material para exposições).

Componentes Eletivos

Disciplinas Obrigatória por Linha

Creditos - 4

Seminários de Modelagem e Simulação A

Linha de Pesquisa Modelagem e Otimização de Biossistemas

Acompanhar o desenvolvimento da pesquisa do mestrando, com vistas aos seguintes aspectos: Modelagem/Análise/Simulação a ser desenvolvida, técnicas de coleta de dados; procedimentos de análises dos dados coletados; Análise do Estado da Arte, principalmente, em temas relacionados a Linha de Pesquisa Modelagem e Otimização de Biossistemas. O planejamento da pesquisa.

Seminários de Modelagem e Simulação B

Linha de Pesquisa Análise de Biossistemas

Acompanhar o desenvolvimento da pesquisa do mestrando, com vistas aos seguintes aspectos: Modelagem/Análise/Simulação a ser desenvolvida, técnicas de coleta de dados; procedimentos de análises dos dados coletados; Análise do Estado da Arte, principalmente, em temas relacionados a Linha de Pesquisa Análise de Biossistemas. O planejamento da pesquisa.

Disciplinas Optativas

Creditos - 4

As disciplinas optativas podem ser escolhidas individualmente ou coletivamente pelos discentes do curso, sendo, a listagem abaixo uma referência para as possiblidades de disciplinas.

Ementa: Tipos de modelos: modelos estatísticos, empíricos, determinísticos, mecanísticos. Modelos dinâmicos. Escala de tempo e de espaço. Ferramentas da modelagem: leis e princípios de conservação; equação da continuidade; equações diferenciais e integrais. Modelagem discreta e contínua. Modelagem de processos físicos no solo e na atmosfera agrícola. Avaliação e aferição de modelos. Teste de sensibilidade dos parâmetros. Comparação entre modelo e realidade. Comparação entre modelos. Modelos de balanço hídrico, de crescimento de culturas, dos processos de transferência no solo e na atmosfera.

Ementa: Amostragem de sinais; Transformada z; Análise de Fourier discreta; Algoritmos de transformada rápida de Fourier (FFT); Métodos de projeto de filtros digitais; Estimação de espectro de potência; Filtro de Kalman; Aplicações de processamento digital de sinais.

Ementa: Resenha histórica; Aspectos fisiológicos básicos da circulação sanguínea: Estrutura geral do sistema circulatório; Características básicas da parede arterial. Noções básicas da mecânica dos sólidos: Comportamento das paredes arteriais (equações constitutivas); Noções básicas da mecânica dos fluidos: Comportamento do sangue (equações constitutivas); Conceitos preliminares de modelagem; Introdução à simulação computacional: Modelos simplificados para o sistema cardiovascular 0D: Modelo das artérias sistêmicas, Modelos artérias sistêmicas acoplado com o ventrículo esquerdo, Modelo completo: artérias sistêmicas acoplado com todo o coração e veias sistêmicas); Incorporação do funcionamento das válvulas cardíacas; Simulação computacional via Matlab; Modelos simplificados para o sistema cardiovascular 1D: Leis de conservação; Pulso arterial; Estruturas das artérias; Condições de entrada e saída; Simulação computacional empregando o Sistema HeMoLab.

Ementa: Breve introdução ao cálculo vetorial e tensorial, significado físico dos operadores gradiente, divergente e rotacional e Laplaciano; Definição de propriedades de meios contínuos; Cinemática e movimento (visão Lagrangiana e Euleriana) ; Leis de conservação (em particular massa, momentum, energia e carga elétrica); Unificação das leis de conservação em termos de uma propriedade genérica; Aplicações a transporte de massa e calor, transporte de cargas elétricas, percolação, transporte de fármacos, modelos populacionais contínuos; Caso estacionário (equilíbrio); Equações constitutivas para o fluxo: processos puramente difusivos - leis de Fourier, Darcy, Fick, Ohm, escoamento potencial, eletrostática, elasticidade, modelos de torção; Equações de difusão: exemplos; Equação de Poisson, modelos de equilíbrio; Modelos de propagação de ondas, elastodinâmica; Fluxo convectivo-difusivo e equações de convecção-difusão; Eletromagnetismo: equações de Maxwell.

Ementa: Princípios básicos e Metodologias de Modelagem; Modelos qualitativos e quantitativos; Sistemas de Referência Lagrangeano e Euleriano; Propriedades físicas (fenomenológicas); Sistemas contínuos e discretos, conceito de escala Interpretação de operadores matemáticos; Princípios de Conservação/Equilíbrio; e Equações Constitutivas e de Estado; Modelos determinísticos, probabilísticos e empíricos; Evolução e análise de adequação de modelos matemáticos; Aplicações: Problemas selecionados de modelagem física geral (engenharias), Biossistemas, ecossistemas.

Ementa: Redes complexas: Introdução e motivação. Fundamentos de teoria de redes: Representação de redes; passeio aleatório; medidas e métricas de rede; centralidades. Algoritmos computacionais para análise de redes: Grau; clusterização; caminhos mais curtos; busca; particionamento. Modelos de redes: Modelo G(n,p) de redes aleatórias (Erdös-Réyni); modelo de mundo pequeno (WattsStrogatz); modelo de escalalivre (Barabási-Albert). Processos em redes: Resiliência; difusão. Redes dinâmicas e multi-camadas: Grafos variantes no tempo; redes multi-camadas; grafos multi-aspecto.

Ementa: Conceitos básicos: erros, representação de ponto flutuante, convergência. Interpolação e aproximação polinomial. Determinação de raízes de equações e sistemas não lineares. Integração e diferenciação numérica. Resolução de sistemas lineares de equações algébricas: métodos diretos e iterativos. Introdução aos métodos de diferenças finitas e volumes finitos. Aspectos matemáticos das equações governantes. Método das diferenças finitas (MDF). Método dos volumes finitos (MVF). Aplicações dos métodos de diferenças finitas e volumes finitos. Introdução ao método dos elementos finitos. Método dos resíduos ponderados. Problemas unidimensionais. Problemas bidimensionais. Principais tipos de elementos utilizados em análise estrutural e suas aplicações. Outros métodos numéricos para soluções de problemas de engenharia.

Ementa: Definição do problema geral de programação não-linear; Condições de otimalidade para problemas com e sem restrições; Convexidade; Propriedades fundamentais de soluções e algoritmos; Algoritmos de busca linear; Métodos clássicos de descida; Métodos de penalização e barreira; e Métodos de busca direta (não são baseados em derivadas).

Ementa: Conceitos Básicos, Dispositivos Gráficos 2D, Representações para imagens digitais. Métodos Matemáticos: Sistemas lineares Transformada de Fourier, Sinais aleatórios, Modelos Estocásticos para imagens, Teoria de Estimação, entropia e compressão de informação. Teoria de Cores. Amostragem e Quantização: Freqüência de Nyquist e Aliasing, Teorema de Amostragem e Reconstrução. Quantização de Imagens. Transformadas Discretas para imagens: Transformada Discreta de Fourier, Transformada Cosseno, Transformada KL. Realce e Filtragem de Imagens. Aquisição de Imagens e Restauração: Filtragem inversa e de Wiener. Segmentação e análise de Imagens.

Ementa: Estruturas de Dados Elementares: matrizes, matrizes esparsas e sua implementação computacional, pilhas e filas, listas ligadas, árvores, implementações usando técnicas de recursividade; tabela hash, tabela de acesso direto, tabela hash e seus elementos, funções hash, implementação computacional de tabelas hash e aplicações; Busca em Árvore Binária: noções de árvores binárias, métodos de busca, inserção e eliminação de nós, implementação computacional com exemplos de aplicações; estruturas de dados espaciais e grafos, Octrees, K-d-Trees, noções de grafos e técnicas de implementação, deph and breadthfirst-search em grafos, programação das estruturas estudadas; aplicações, geração de malhas, solução de sistemas de equações, técnicas out-of-core para análise de dados, otimização em grafos.

Ementa: Fundamentos matemáticos: Indução, recursão. Análise assintótica; Ordenação: Inserção, seleção, quicksort, mergesort, heapsort, radix sort; Busca: Sequencial, binária, hashing, árvores binárias de busca, árvores balanceadas; Grafos: Caminhos mínimos, Algoritmo de Dijkstra, Algoritmo Guloso; Programação Dinâmica; Sistemas de Equações Algébricas Lineares; Números Aleatórios.

Ementa: Histórico e conceituação da agricultura de precisão Sistemas e informação geográfica (SIG) e sensoreamento remoto Eletrônica embarcada: estudo dos sensores, atuadores, aquisição e comunicação de dados, sistemas eletrônicos de posicionamento e georeferenciamento Sistemas de coleta de dados e mapeamento Monitoramento da produção. Monitoramento das condições do solo Sistemas de controle e monitoramento de semeadura Sistemas para aplicação localizada de adubos e corretivos Mapeamento de infestação por plantas daninhas pragas e doenças Sistemas para aplicação localizada de defensivos Tecnologia de informação e gerenciamento.

Ementa: Relações entre vegetação natural, ambiente físico e ação humana; vegetação e espectro eletromagnético; mapeamento e monitoramento da cobertura vegetal; métodos de análise geoespaciais. PROGRAMA A disciplina consiste de estudos dirigidos, através de leitura de textos (livros, artigos, relatórios técnicos), seminários e redação de ensaios sobre o estado da arte do conhecimento sobre os principais aspectos associados com a relação entre a vegetação natural e o ambiente físico, os impactos da ação humana, e o mapeamento, análise e avaliação ambiental da cobertura vegetal através de geotecnologias, como o processamento digital de imagens de sensoriamento remoto e o uso de métodos incorporados em programas de geoprocessamento.

Ementa: Desenvolvimento Sustentável e sustentabilidade energética. Energia no contexto de desenvolvimento e meio ambiente. Conversão de energia e eficiência de conversão. Recursos energéticos, oferta e consumo de energia. Políticas energéticas nacionais. Tecnologias para geração e uso de fontes energéticas. Estudo de impactos ambientais associados. Ambiente e paisagem: uso e ocupação do solo. Energia: parque edificado, fontes de energia renováveis, eficiência energética e edifícios de alto desempenho energético. água: consumo, sistemas de controle, tratamento e reuso. Materiais: seleção e especificação, características, uso e reciclagem. conforto ambiental: projeto bio-climático, sistemas passivos, conforto usuário e apo. ciclo de vida do ambiente construido. edificios sustentaveis: estudo de caso.

Ementa: Conceitos básicos em ecologia. Estruturas de populações e comunidades. A evolução dos ecossistemas: sucessão ecológica. Diversidade biológica e caracterização dos biomas brasileiros. Impactos ambientais e a influência antrópica na degradação progressiva dos recursos naturais Relações inter e intraespecíficas dos seres vivos. Deriva dos continentes. Dispersão, Migração. Fragmentação de habitats. Biogeografia. Efeitos de borda. Características das Unidades de Conservação no Brasil.

Ementa: A ciência da Ecologia busca a coleta e obtenção de dados da natureza para responder suas perguntas. O próximo passo é analisar e entender os padrões que os dados obtidos podem nos mostrar. Desta forma o uso de modelos estatísticos sempre se mostra interessante, mas também desafiadores. Esta disciplina busca introduzir o uso de modelos lineares avançados para interpretação de dados ecológicos dos mais variados.

Ementa: Ecologia e evolução das interações entre animais e plantas nos ecossistemas terrestres. Métodos de estudo das redes de interação entre animais e plantas nas comunidades. Importância das interações animal-planta no funcionamento dos ecossistemas e estratégias para sua conservação.

Ementa: Ambiente e suas relações com os sistemas produtivos: bioconversão da energia solar; Aspectos quali-quantitativos da radiação solar em ambientes naturais, regime radiativo acima e abaixo da vegetação, métodos de medida e estimativa da radiação solar; Temperatura e umidade do ar em ambientes naturais, métodos de medida e estimativa; Evaporação e evapotranspiração em ambientes naturais:conceitos, medidas e estimativas; Precipitação: processos de formação, interceptação da chuva pela vegetação e chuva efetiva, modelos de estimativa e medida; Balanço hídrico climatológico como método de análise ambiental; Análise física do ambiente e sustentabilidade dos agroecossistemas; Alterações do ambiente e produtividade agrícola; Planejamento de experimentos; Análise de crescimento de plantas; Noções de modelagem agrometeorológica.

Ementa: Processos de transferência de água superfície-atmosfera (evaporação, transpiração e evapotranspiração), conceitos: ET potencial/referência e ET da cultura, ET em condições padrões e não-padrões, parâmetros termodinâmicos e atmosféricos, balanço de radiação, energia e água no sistema solo-planta-atmosfera, métodos de medidas e estimativas da evapotranspiração (ET), sensoriamento remoto e SIG aplicados a estimativa de ET.

Ementa: Fornecer ao discente, informações fundamentais sobre os mecanismos legais que regem a utilização da água no setor rural, bem como fornecer subsídios técnicos para que o mesmo possa avaliar um sistema agrícola que utiliza água, quantificando o seu uso e sua eficiência em uma Bacia Hidrográfica.

Ementa: Estrutura do DNA. Replicação. Transcrição e processamento. Estrutura de proteínas; Tradução e o código genético; Organização das regiões codificadoras do DNA; DNA / RNA, os procariotos e os eucariotos, transcrição e tradução; Organização das regiões não codificadoras do DNA repetições, CpG islands Técnicas genômicas;PCR, ESTs, BAC/YAC, cosmídeos, bibliotecas genômicas, chips DNA, mapas físicos e mapas genéticos;Técnicas de Bioinformática; breve história de sequenciamento de genomas; Aquisição e análise preliminar de dados, montagem de seqüências de DNA e análise de seqüências de DNA; Proteínas; Estruturas primária, secundária, terciária e quaternária das proteínas; Proteínas classes e funções; Interação DNA/Proteína; Aplicação da bioinformática na proteômica (Análise de sequencia primária, estrutura secundária e terciária); Técnicas Proteômicas; Interações proteínas/proteínas.

Ementa: Sistemas biológicos; O que é vida?; Padrões e Processos em Biologia; Processos evolutivos; Seleção natural como propriedade emergente da vida; Mutação; Deriva gênica; Padrões biológicos; Origem da vida; Diversidade animal; Histórico; Darwin; Wallace; Mendel; Wright, Fisher \& Haldane. Taxonomia; Objetivo; Classificações passadas; Classificação de Lineu; Filogenia; Hennig e a sistematica filogenética. Novas tendências (grupos monofiléticos, bar code); Análise filogenética; UPGMA e Máxima Parcimônia; Sistemática filogenética. Três eixos da análise comparativa: espaço, tempo e forma (biogeografia, registro fóssil e morfologia/molecular).

Ementa: A célula e sua organização; Estrutura e função de ácidos nucléicos: DNA e RNA; Organização gênica de procariotos e eucariotos; Replicação do DNA; Transcrição e processamento do RNA; Código genético e Tradução; Controle da expressão gênica; Técnicas de DNA recombinante ; Sequenciamento; Propriedades de aminoácidos, Estrutura de proteínas; Proteínas estruturais e Enzimas .

Ementa: Recursos naturais: conceitos, classificação e distribuição geográfica. Sociedade e Natureza. Estratégias Mundiais para a conservação dos recursos naturais. Principais recursos naturais. Planeta Terra. Fluxos energéticos.Cadeias tróficas, Biomas, Ciclos Biogeoquímicos, Interação entre os meios biótico / abiótico, Ecologia de populações e comunidades no ambiente aquático, terrestre e interfaces. Distúrbio natural e antrópico.

Ementa: A biosfera, conceitos de sistemas, princípios da engenharia de biossistemas, Propriedades de sistemas biológicos, estudo de casos, Metodologia geral de sistemas, ciclo de vida, modelagem biológica, Analise da dados, etapas na modelagem de biossistemas, classificação de sistemas, Entrada/Saída de funções temporais. Crescimento e regeneração de populações, equações de crescimento populacional, equações de logística, Lotka-Voterra`s sistema predador presa, Dinâmicas de infecção, Analise de feedback, comportamento estável e curva isocline. Conservação de massa em sistemas e recursos naturais. Oscilação e estabilidade de sistemas biológicos.

Ementa: Conceitos básicos em estatística. Testes de significância. Contrastes. Princípios básicos de experimentação. Procedimentos para comparações múltiplas. Delineamentos experimentais. Experimentos fatoriais. Modelos de regressão linear. Análise Exploratória de Dados. Experimentação e Amostragem. Análise de Variância (ANOVA). Planejamento Fatorial de Experimentos. Análise Multivariada.

Atividades Obrigatórias

Atividades Inter-Linhas

Créditos: 6

São consideradas Atividades Programadas Inter-Linhas toda e qualquer proposta de trabalho que ocorra durante o semestre letivo, promovida pela equipe do programa, que vise a integração das pesquisas em andamento dentro de concepção sistêmica do conhecimento e que supere a dicotomia entre as áreas.


Projeto da Dissertação

Créditos: 4

Nesta atividade o mestrando deve apresentar a parte teórica e metodológica do seu trabalho. Nela, o estudante vai contextualizar teoricamente seu problema e explicar tanto a metodologia quanto o modelo a partir do qual realizará a pesquisa. A parte teórica e metodológica são essenciais para o sucesso o sucesso do projeto. Por isso, deve-se ter atenção e certificar-se de que as bases de estudo escolhidas são sólidas e atuais.


Exame Geral de Qualificação

O que é: O exame de qualificação tem por objetivo avaliar a maturidade da pesquisa e propor caminhos alternativos ao texto apresentado, visando o aprimoramento da Sistema Sobre Investigação (SUI). Nesta etapa o mestrando deve ter consolidado, no mínimo, 60% da totalidade de sua dissertação, apresentado:

  • O Problema;
  • O Estado da Arte da sua investigação;
  • O modelo conceitual;
  • Resultados e Conclusões Parciais.

Como é: Deverá ser realizado na forma de apresentação oral. A avaliação será feita por uma banca composta por dois membros internos e outro externo e presidida pelo orientador. Não são exigidos créditos mínimos para inscrição, mas é exigido um mínimo de 94 horas de orientação. A realização do Exame de Qualificação deverá ocorrer em até 60 (sessenta) dias após a aprovação da inscrição.

Quem deve apresentar: Alunos regulares do PPGMSB.

Quando solicitar: No máximo 18 (dezoito) meses após o ingresso no curso. O aluno só poderá realizar o exame de qualificação de que trata o caput deste artigo se tiver integralizado a metade da carga horária das disciplinas obrigatórias e eletivas, tiver submetido artigo para publicação em periódico(com QUALIS A1, A2, A3 ou A4) e tiver comprovado proficiência em uma das seguintes estrangeiras: Espanhol, Inglês, Francês, Italiano e Alemão.

Limites: Duas reprovações neste Exame ensejarão o desligamento da Pós-Graduação;

Como Pedir: preencha o Requerimento de Exame de Qualificação e encaminhe ao orientador, que a colocará na pauta da reunião da Colegiado. Acompanhe pela Deliberação do Colegiado e a aprovação (ou não) do seu requerimento.

Itens para solicitação:

  • Proposta de dissertação contendo os elementos mínimos;
  • Histórico Escolar;
  • Comprovante de submissão para revista QUALIS (A1,A2,A3 ou A4);
  • Comprovante de proficiência em língua estrangeira;
  • Registro de orientação totalizando 94horas;
  • Convite para membro externo da Banca;
  • Requerimento.


Submissão de Artigo

Créditos: 5

Os créditos da submissão são efetivados mediante memorando do orientador a Coordenação do Programa informando todos os dados da publicação.

A publicaçãoo deve ser endereçada a periódicos que tenham as seguintes caracterrísticas:

  • QUALIS (A1,A2,A3 ou A4) na área interdisciplinar;
  • Tenha participação do orientador e do orientando como autores;


Defesa da Dissertação

Créditos: 6

Consideramos a dissertação um trabalho teórico e/ou teórico-prático em que o estudante demonstre domínio atualizado do tema escolhido e capacidade de pesquisa.

A dissertação deverá ser redigida em língua portuguesa, sendo uma de suas cópias em língua inglesa, de acordo com as normas tipográficas definidas pelo colegiado e estritamente relacionada à linha de pesquisa a qua está vinculado o orientador.

Para poder se submeter à defesa de dissertação, o aluno deverá ter integralizado 44 créditos.


Tirocínio Docente

Créditos: 5

O Tirocínio docente tem como objetivo o aperfeiçoamento na formação dos mestrandos, preparando-os tanto para o exercício da atividade de ensino como ampliando seus conhecimentos técnicos científicos na área inerente à disciplina do curso de graduação. Desenvolvendo assim habilidades necessárias para uma ampla formação, sempre sob a orientação de um professor e por meio de atividades de ensino na graduação no âmbito da Universidade.

Leia aqui as regras


Documentos para o Tirocínio


Exame de Proficiência

O Exame de Proficiência em Língua Estrangeira (inglês, francês e espanhol) é componente curricular do curso stricto sensu do Programa de Pós-Graduação em Modelegem e Simulação de Biossistemas, possui caráter obrigatório e objetiva avaliar a capacidade de compreensão e interpretação do discente na leitura de textos acadêmicos;

Leia aqui as regras